У найближчому майбутньому Матоко Кусанагі на прізвисько Майор буде першою в своєму роді. Колись вона була врятована в небезпечній аварії і за допомогою кібер-технологій перетворена в ідеального солдата, щоб зупинити найнебезпечніших геніїв кримінального світу. Люди того часу починають замінювати кібернетичними аналогами все, що тільки можна. Навіть свій розум... Тоді тероризм досягає такого рівня, що хакери проникають в розум людей і контролюють його. Тільки Майор може зупинити це. Але одного разу вона розуміє, що їй весь час брехали – її життя не врятували, а вкрали. Майор хоче дізнатися всі деталі свого минулого, щоб покарати винних і запобігти подібному в майбутньому.